Храм строился в течение нескольких десятилетий с 1817 по 1885 год. До этого здесь существовал армяно-григорианский храм Св. Никогайоса (Николая), но он был сожжен в 1736 году. До Октябрьской революции Евпатория была городом многонациональным, поэтому здесь были и храмы различных конфессий.
До нашего времени сохранилось красивое здание армянской церкви — храма святого Николая (храм Сурб Никогайос). Он был построен на средства армянской общины Евпатории в 1885 году. Это постройка базиликального типа, с полукруглой абсидой на восточной стене. Здание, сохранившееся до наших дней, является копией феодосийской армянской церкви - имеет три входа (с запада, севера и юга), украшенные портиками с крестовыми сводами.
После революции храм был закрыт, а здание использовалось в хозяйственных целях. В настоящее время является памятником архитектуры. Городские власти имеют намерение реставрировать эту церковь с последующей, видимо, передачей её армянской общине.
